工程招投标代理制度的推行，增强了招投标工作的实效性，促进了招投标市场的良性发展，但从目前的市场现状来看，其背后仍存在较多问题，尤其是那些不成文的“潜规则”，须引起业界的高度关注。
代理行为极不规范
投标企业权益受损
当前，建设市场上的招投标代理机构数量众多，为了承揽到项目招标代理权，或者在代理行为过程中谋求自身经济利益的最大化，这些代理机构往往采取以下一些做法：收取名目繁多的费用。参与一项工程投标，施工企业就要缴纳招标文件费、图纸费、投标保证金、招标代理费等等，各项费用相加是一笔不小的开支。当然，其中如投标保证金之类费用的收取是必要的，并且一旦工程不中标，业主就会很快返还给投标企业，但是其他如图纸费、招标文件费的收取，就根本没有一定的收取标准，而是完全由代理机构一家说了算，少则几百元，多则上千元，就是不中标，这些钱也不会再退还给投标企业的。
要求投标企业负责缴纳招标代理费，将本应该由业主承担的代理费用转嫁给投标施工企业承担。按照国家有关规定，招标代理机构要收取一定数额的招标代理费，具体数额视工程总造价的高低，相应的比例也不同，具体标准为：造价在100万元以下的收取1%，100万元～500万元的收取0.7%，500万元～2000万元的收取0.55%，这项费用要由业主缴纳。但现实状况是，代理机构为了取悦业主，将这块费用转嫁给投标企业承担，这好像已经成为一项不成文的“潜规则”。
当前，建筑市场仍处于僧多粥少的局面，每项工程都会有很多家企业参与投标，相互间竞争十分激烈，这些企业为了能和代理机构搞好关系，拿到竞标入围权，不得不接受这些苛刻条件。这块费用视工程体量的大小不同，少则几千，多则几万、十几万，但大多不会低于或者稍高于上述收取比例。扣留工程投标保证金。按照规定，参与工程投标的企业需要交纳一定数额的投标保证金，目的就是便于对参与投标的企业的投标行为进行有效约束，缴纳的数额应按照法定比例并且不宜过大，项目招标结束后应及时归还参与投标企业，包括中标企业。而现实状况是，对于没有中标的企业，投标保证金归还得很及时，业界对此也没有异议。但对于中标企业来说，就存在着变数，这笔费用有的能够及时归还，但大多数情况并非如此。
行业监管力度不足
无序竞争缺乏自律
由于国家推行招标代理制的时间不长，行业主管部门设置不明确，相关措施不健全，在一定程度上造成对代理机构的市场监管力度不甚到位，客观上也造成了招标代理行业的无序竞争和混乱。同时，由于市场准入机制的原因，看到代理市场有利可图，一些人就利用社会关系找门子、搞挂靠，有许多小的代理机构就是依靠挂靠外地高资质的代理企业成立的，这些机构平时工作人员很少，更谈不上什么高素质，目前，这种代理机构在许多地区都是存在的，导致的消极后果便是代理机构素质参差不齐、数量众多，从业人员只顾眼前经济利益，缺乏行业自律意识，进而妨碍了整个行业的健康和谐发展。
加大行业监管力度
规范招标代理行为
为切实加强对代理机构的行业管理，切实规范从业行为，减少或杜绝各类违规行为的发生，建议政府成立专门的代理行业管理部门，将整个行业纳入这个部门进行管理。这个部门可以列入建设行政主管部门，改变目前只是由招标办和定额站进行业务管理、缺乏行业行政及规范化管理的现状。如果实施了经常化、制度化、规范化的部门管理，相信将会有效消除目前存在的弊端，对整个行业的健康发展产生积极的促进作用。
加强市场准入机制建设，提高审批门槛。工程招标代理机构作为一个为业主代理选择施工方的专门机构，其从业人员必须要具有工程建设方面的相关专业知识，如果在这方面知之甚少的话，将很难保证最终的业务质量，也就失去了代理招标的意义。可是事与愿违，据调查，在当前的工程招标代理机构中，普遍存在着从业人员缺乏专业知识、业务素质不高的弊端，这种消极状况亟需改变。为此，有关部门要严格对该行业的从业资格审批，抬高市场准入门槛。同时，要加强对该行业的日常行为监督，在全行业倡导开展诚信建设，推行信用体系制度，一旦某代理机构有被投诉现象并且确存在违规行为，经调查核实后，要将其劣迹记录在案，并将此作为从业资格年检是否合格的重要依据，提高市场淘汰率。
